你说的flash是SPI还是emmc？
如果是emmc，我试下来大部分的镜像都有emmc优先于sd卡启动的bug，不管这个有问题的镜像是在sd卡还是在emmc都会导致启动顺序有误。只有radxa提供的ubuntu server，还有manjaro arm这两个镜像没有这个bug。
参见别人发的几个帖子：
如果已经陷入emmc能启动但是sd卡不能启动的状态，我的办法是把/boot里的东西全删了，这样就一定能从sd卡启动。不过emmc里的系统也就废了。另一个办法就是拔掉emmc，缺点是要拆散热片。